第三代试管婴儿需要从胚胎上取走一个细胞，而这个过程是不是会影响胚胎的正常发育移植是各国科学家都非常关心的问题，经过研究表明，在胚胎刚形成的时候，各个细胞具体执行什么任务并没有明确的分工，每一个细胞都具有像各个器官分化的潜能，而且早期胚胎具有极强的代偿能力，失去一个细胞后其它细胞会很快分裂将空缺填满，目前的流行病学调查资料显示第三代试管婴儿并不增加胎儿畸形的发生率。
当然这并不是说第三代试管婴儿绝对安全，与其它医学新技术一样，任何一样新技术的诞生都是一把双刃剑，其真正效果可能要过几十年甚至上百年才能准确的评判。所以虽然我国部分医院允许开展第三代试管技术，尽管如此还是需要经过卫生部严格审批，防止该技术被滥用，与此同时严格保证该过程严格有序。三代试管胚胎活检对胚胎有没有伤害
我们所说的胚胎活检就是胚胎活体组织检查，主要是为了检查胚胎的染色体或者基因有没有什么问题。一般情况下我们是通过机体活检、卵裂球活检、囊胚期活检三种方式进行检测的。
根据目前的实际情况来说，主要采用滋养层活组织检查，它是从发育中的胚胎中获取细胞进行基因检测的最新技术，是目前最安全的胚胎活检形式。在健康的胚胎中，到发育的第5天，将胚胎分成大约100个细胞并形成充满液体的球体。这个阶段的胚胎被称为胚泡。胚泡由两种细胞类型组成：内细胞团是一小块细胞，继续形成胎儿；大多数细胞称为滋养层细胞，从资料中可以看到形成胎盘和其他非胎儿组织。